"Recovery of deleted deep sequencing data sheds more light on the early Wuhan SARS-CoV-2 epidemic" 

“Ik heb een verwijderde set van partiële SARSCoV-2 sequenties van de vroege Wuhan epidemie geïdentificeerd en teruggevonden. Analyse van deze sequenties leidt tot verschillende conclusies. Ten eerste leveren zij verder bewijs dat de sequenties van de Huanan Seafood Market, waarop het gezamenlijke WHO-China rapport zich richtte (WHO 2021), niet representatief zijn voor alle SARS-CoV-2 in Wuhan aan het begin van de epidemie. Uit de verwijderde gegevens en uit bestaande sequenties van met SARS-CoV-2 besmette patiënten die in het ziekenhuis in Guangdong werden opgenomen, blijkt dat de vroege sequenties in Wuhan vaak de T29095C-mutatie droegen en minder vaak T8782C/C28144T droegen dan de sequenties in het gezamenlijke WHO-China-rapport (WHO 2021). Ten tweede zijn er, gezien de huidige gegevens, twee plausibele identiteiten voor de stamvader van alle bekende SARS-CoV-2.
De ene is proCoV2 beschreven door Kumar et al. (2021), en de andere is een sequentie die drie mutaties (C8782T, T28144C, en C29095T) draagt ten opzichte van Wuhan-Hu-1.

Van cruciaal belang is dat beide vermeende voorlopers drie mutaties dichter bij de vleermuiscoronavirusverwanten van SARS-CoV-2 liggen dan sequenties uit de Huanan Seafood Market. Merk ook op dat de stamvader van alle bekende SARS-CoV-2-sequenties zich nog steeds stroomafwaarts kan bevinden van de sequentie die patiënt zero heeft geïnfecteerd, en het is mogelijk dat de toekomstige ontdekking van extra vroege SARS-CoV-2-sequenties kan leiden tot verdere herzieningen van de conclusies over de vroegste virussen in de uitbraak.”

“Het feit dat deze informatieve dataset is verwijderd suggereert implicaties die verder gaan dan die welke rechtstreeks uit de herstelde sequenties kunnen worden afgeleid. Monsters van eerste poliklinische patiënten in Wuhan zijn een goudmijn voor iedereen die inzicht wil krijgen in de verspreiding van het virus. Zelfs mijn analyse van 13 partiële sequenties is onthullend, en het zou duidelijk wetenschappelijk informatiever zijn geweest om alle 34 monsters volledig te sequencen in plaats van de partiële sequentiegegevens te verwijderen. Er is geen duidelijke wetenschappelijke reden voor de schrapping: de sequenties komen overeen met de monsters beschreven in Wang et al. (2020a,b), er zijn geen correcties op het artikel, het artikel vermeldt dat toestemming voor menselijke proefpersonen werd verkregen, en de sequentiebepaling toont geen bewijs van plasmide of monster-tot-monster contaminatie.”

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.06.18.449051v1

artikel in Nature

Open oproep in Science:

Investigate the origins of COVID-19

1. Jesse D. Bloom1,2,
2. Yujia Alina Chan3,
3. Ralph S. Baric4,
4. Pamela J. Bjorkman5,
5. Sarah Cobey6,
6. Benjamin E. Deverman3,
7. David N. Fisman7,
8. Ravindra Gupta8,
9. Akiko Iwasaki9,2,
10. Marc Lipsitch10,
11. Ruslan Medzhitov9,2,
12. Richard A. Neher11,
13. Rasmus Nielsen12,
14. Nick Patterson13,
15. Tim Stearns14,
16. Erik van Nimwegen11,
17. Michael Worobey15,
18. David A. Relman16,17,*

See all authors and affiliations Science  14 May 2021:

https://science.sciencemag.org/content/372/6543/694.1